宮崎駿原作では何度もそのような描写が描かれ

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ルパンと不二子は肉体関係を結んだんですか？

原作では何度もそのような描写が描かれ、(宮崎駿 DVD)ルパン三世の息子「ルパン小僧」がスピンオフ作品にて描かれています、その母親は峰不二子だと言われています。

ただ原作の設定は話によってコロコロかわります
アニメでもコロコロ変わるのですが映画カリオストロ城では ルパンと峰不二子は肉体関係のあった昔の恋人という明確な設定があり（宮崎駿はそういった設定をつけるのが好きで、二人がやり取りをする際その様な（元恋人）演技を求めたそうです）(宮崎駿 DVD BOX)

アニメでも「久しぶりに〜（性行為をする）」と不二子・ルパンがそれぞれ発言しているシーンもあり、過去何度か関係があった事が伺えます。